Die Siedler von Catan: Junior ist, wie zu erwarten, eine Junior-Ausgabe von Die Siedler von Catan, und während der Spielablauf größtenteils gleich bleibt – die Spieler sammeln und tauschen Ressourcen, um Dinge zu bauen, mehr Ressourcen zu gewinnen und Punkte zu sammeln –, ist das Setting neu.

Anstatt jedoch Siedler zu sein, sind die Spieler jetzt Piraten, mit Piratenlagern auf Inseln in den Gewässern um Catan und Schiffen, die in diesen Gewässern fahren. Piratenlagerhäuser entsprechen Siedlungen in Catan, und der Spieler erhält Ressourcen aus diesen Lagerhäusern, wenn ein Würfelwurf mit der auf dieser Insel angezeigten Zahl übereinstimmt. Diese Ressourcen liegen in Form von Ausrüstungskarten vor und sind Holz, Wolle, Rum, Säbel und Gold. Damit bauen die Spieler Schiffe und weitere Piratenlager oder kaufen Entwicklungskarten. Anstelle eines Räubers müssen sich die Spieler nun vor einem Geisterpiraten in Acht nehmen, der die normalerweise in einem Lagerhaus bereitgestellten Ressourcen blockieren kann.

Jeder Spieler beginnt mit zwei Piratenlagern, und der erste Spieler, der sieben Lagerhäuser baut, gewinnt. Um ein neues Lagerhaus zu bauen, muss ein Spieler jedoch mit dem Schiff von einem bestehenden Lagerhaus zu einem neuen Bauplatz fahren, wodurch die Spieler abwechselnd Schiffe und Lagerhäuser bauen müssen.

Abgesehen von der Änderung des Themas umfassen weitere Änderungen zwischen „Die Siedler von Catan“ und „Catan: Junior“ die Eliminierung von Städten (d. h. Lagerhäuser können nicht aufgerüstet werden) und die Distanzregel zwischen Siedlungen, die Zuteilung von Ressourcen durch den Wurf eines Würfels anstelle von zwei W6 und die Einführung eines Marktplatzes, der den Handel mit der Bank ermöglicht. Zu Beginn des Spiels wird eine Ausrüstungskarte jedes Typs auf den Marktplatz gelegt; Wenn ein Spieler an der Reihe ist, kann er eine Karte auf der Hand gegen eine Karte auf dem Marktplatz eintauschen. Zu bestimmten Zeiten im Spiel wird der Marktplatz geräumt und zurückgesetzt, um eine Ausrüstungskarte jedes Typs anzubieten.