Es ist das späte 26. Jahrhundert. Die Erde erholt sich gerade von einer katastrophalen Explosion, die vor Jahrhunderten den Großteil der Bevölkerung ausgerottet und einen Großteil der Oberfläche aufgrund unirdischer Wetterbedingungen unbewohnbar gemacht hat. Die überlebenden Menschen organisierten sich nach vier radikal unterschiedlichen Ideologien, den sogenannten Pfaden, um die Welt nach eigenem Ermessen wieder aufzubauen: Harmonie, Dominanz, Fortschritt und Erlösung. Anhänger der vier Pfade leben in einem fragilen Frieden, aber in fast völliger Isolation nebeneinander. Ihr einziger Treffpunkt ist die letzte große Stadt der Erde, die heute nur noch als Hauptstadt bekannt ist.

Durch die Aktivierung der mysteriösen Zeitrisse, die sich nach der Katastrophe öffneten, ist jeder Pfad in der Lage, zu bestimmten Momenten in seiner Vergangenheit zurückzukehren. Dies kann ihren Fortschritt erheblich beschleunigen, aber zu viel Einmischung kann das Zeit-Raum-Kontinuum gefährden. Aber Fortschritt ist wichtiger denn je: Glaubt man der mysteriösen Nachricht, die durch den Zeitriss eintrifft, zeichnet sich am Horizont eine noch schrecklichere Katastrophe ab: Ein Asteroid mit der mysteriösen Substanz Neutronium steuert auf die Erde zu. Noch seltsamer ist, dass die Wissenschaftler zeigen, dass die Energiesignatur des Asteroiden mit der Explosion vor Jahrhunderten übereinstimmt ...

Anachrony verfügt über ein einzigartiges zweistufiges System zur Arbeitsvermittlung. Um in die Hauptstadt zu reisen oder sich auf die Suche nach Ressourcen in den zerstörten Gebieten zu machen, benötigen Spieler nicht nur verschiedene Spezialisten (Ingenieure, Wissenschaftler, Administratoren und Genies), sondern auch Exosuits, um sie zu schützen und zu verbessern – und beide sind Mangelware.

Das Spiel wird in 4–7 Runden gespielt, abhängig vom Zeitpunkt, zu dem die drohende Katastrophe eintritt – es sei denn, sie wird natürlich abgewendet! Die verstrichenen Runden werden auf einer dynamischen Zeitleiste gemessen. Durch die Aktivierung der Zeitrisse können Spieler auf frühere Runden zurückgreifen, um ihr vergangenes „Ich“ mit Ressourcen zu versorgen. Jeder Pfad hat ein völlig anderes Ziel, das bei Erreichen mit einer riesigen Menge an Siegpunkten belohnt wird. Die Siedlungen der Pfade werden das überleben