San Juan ist ein Kartenspiel, das auf Puerto Rico basiert. Der Kartenstapel mit 110 Karten besteht aus Produktionsgebäuden (Indigo, Zucker, Tabak, Kaffee und Silber) und „violetten“ Gebäuden, die besondere Kräfte oder zusätzliche Siegpunkte verleihen. Karten aus der Hand können entweder gebaut oder als Geld für den Bau von etwas anderem verwendet werden; Karten aus dem Stapel stellen die Waren dar, die in den Produktionsgebäuden produziert werden. In diesem Fall werden sie verdeckt liegen gelassen. Einmal pro Runde gilt ein Handlimit von sieben Karten.

In jeder Runde (oder Gouverneursamt) wählt jeder Spieler der Reihe nach eine der verfügbaren Rollen aus und löst so ein Ereignis aus, das normalerweise alle Spieler betrifft, etwa die Produktion von Gütern oder den Bau von Gebäuden. Die Person, die sich für die Rolle entscheidet, erhält ein Privileg, z. B. die Möglichkeit, mehr Waren zu produzieren oder billiger zu bauen.

Obwohl das Spiel vom Konzept her Puerto Rico ähnelt, verfügt es über viele verschiedene Mechanismen. Insbesondere beinhaltet das Spiel keine Kolonisten und keinen Warentransport; Warenproduktion und Warenhandel sind normalerweise auf eine Karte pro Phase beschränkt; und Trades können nicht blockiert werden. Siegpunkte erhält man ausschließlich durch Bauen und das Spiel endet, sobald ein Spieler zwölf Gebäude errichtet hat.